Dans cette étude, parue dans Basic & Applied Ecology, nous avons étudié avec une approche par metabarcoding le contenu des tubes digestifs d’échantillons de deux espèces de carabes (Poecilus cupreus et Nebria salina) capturés dans des champs de colza entre 2013 et 2019 et conservés dans l’éthanol depuis. Ces résultats ont par ailleurs été comparés avec ceux obtenus avec des échantillons « frais » capturés en 2021.
Malgré des conditions de stockage peu favorables pour la conservation du matériel génétique, les anciens échantillons ont permis de détecter de nombreuses séquences d’ADN de proies, d’autant plus que les échantillons sont âgés. Par comparaison, les échantillons de 2021 ont permis une détection faible d’ADN de proies.
Le régime alimentaire des deux espèces de carabes était composé d’un large spectre d’espèces et apparaissait ainsi hautement variable d’une année à l’autre. Par ailleurs, nous avons mis en évidence une diminution de la richesse spécifique des proies détectées dans les tubes digestifs des deux espèces entre 2013 et 2021 (cf illustration), diminution que nous avons imputé à la répercussion sur le régime alimentaire des carabes du déclin général de la biodiversité observée dans les milieux agricoles.
Cette étude a permis de mettre en évidence la possibilité d’utiliser des échantillons capturés il y a plusieurs années pour l’analyse des contenus digestifs par séquençage à haut débit. Appliquée sur un plus grand nombre d’échantillons et sur une plus longue durée, notre approche peut permettre d’étudier les conséquences sur les réseaux d’interaction biologique des perturbations de grande échelle.
Auteurs de l’étude:
Yohann Grauxa, Marina Querejetaab, Sabrina Gabacd, Vincent Bretagnollecd, Stéphane Boyera
a UMR 7261 Institut de Recherche sur la Biologie de l’Insecte, CNRS, 37200 Tours, France
b UMR 7267 Laboratoire d’Écologie et de Biologie des Interactions, CNRS, 86073 Poitiers, France
c UMR 7372, CEBC, CNRS & La Rochelle Université, 79360 Villiers-en-Bois, France
d LTSER Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre, 79360 Villiers-en-Bois, France